故事背景設定在以現實世界為基礎所衍生的架空世界，敘述日本在津輕海峽另一側的北海道遭到佔領，形成南北兩側對立的舞台。

　　1945年，蘇聯背棄日蘇中立條約，於十月攻佔北海道。日本恢復主權後，北海道也改名「蝦夷」，歸入蘇聯的體制之下。1965年赫魯曉夫在蘇共第二十屆大會上宣布統合蘇聯、東歐與西亞所有社會主義國家的統一政體「聯邦國」誕生。

　　1960年代後半，蝦夷內部民族主義運動高漲，為了因應這個情勢，聯邦國於1975年與日本斷交，使日本南北分裂情勢延續至今。

　　聯邦國在蝦夷上建造有著高度直達雲端、叫做「聯邦國巨塔」的神秘建築物，該神秘巨塔因此造成美國與聯邦國的軍事衝突點。

　　住在青森的中學三年級生「浩紀」與「拓也」，夢想著能夠到「神秘巨塔」所在的海峽對岸去。於是兩個人為了實現夢想而開始製造名為「維席拉」（Velaciela，音近維拉切拉，意為白色之翼）的飛機。

　　兩人的同班同學「澤渡佐由理」在因緣牽絆下遇見了浩紀與拓也兩人，並對於他們要在暑假搭乘維席拉到神秘巨塔的計畫非常的寄予厚望，也和浩紀許下一起搭乘維席拉到海峽對岸去的約定；佐由理因此成為了浩紀與拓也兩人完成夢想不可或缺的女孩。

在此之後，佐由理在沒告知兩人的情況下就突然地轉學並從此下落不明。受到此一打擊的兩人便停止維席拉的計畫；為了忘記曾經存在的夢想，浩紀進入東京的高中就讀，而拓也則是就讀青森當地的高中。

　　三年後的1999年，聯邦國與美國之間的軍事衝突即將一觸即發，神秘巨塔的秘密也日漸趨於明朗化。另一方面，佐由理的行蹤也因神秘巨塔的解密而曝光。佐由理是從中學三年級的夏天開始的三年內，因不明原因所引發的疾病而持續睡眠，並在發病的那年夏天即轉往東京的醫院住院觀察。

　　在得知神秘巨塔與佐由理有著重大關係的衝擊秘密後，浩紀與拓也兩人便再次完成中學當年所無法實現的夢想。而浩紀在謹記著當時的約定下，載著佐由理飛往那雲之彼端、約定的地方……